黄仁宇的核心方法论是“大历史观”（macro-history），强调从长时段、结构性的视角分析历史，而非聚焦个人道德或偶然事件。在《万历十五年》中，他试图通过万历年间几位关键人物（如张居正、申时行、海瑞、戚继光、李贽等）的命运，揭示明朝制度性溃败的必然性。张居正视为试图以“技术性手段”改革明朝官僚体制的悲剧性人物。他肯定张居正的务实精神，但也指出其改革受限于文官集团的道德化意识形态，以至于诸多改革在他死之后付诸东流，历史人物不论功绩成就如何，都有被世人称之为的两面性，如张居正虽为“救时宰相”，推行改革缓解财政危机，强化边防，整顿吏治，但夺情和看不起文人等诸多问题上显示出专权跋扈，同时用人唯亲、自己生活奢靡，却又要求皇帝皇后生活勤俭节制，做出榜样，自己却带头奢靡，但道德问题总归个人道德瑕，真正的成就功绩是值得称赞的。又如文中描述戚继光，虽其妥协于腐败体制的一面（如贿赂张居正），在个人生活上多次纳妾等个人道德问题，却也不能否定戚继光如果不对体制上进行妥协攀附权贵，即使能力再大，再当时也是无法施展的，戚继光的努力确实多少挽救了大明王朝没落的脚步，也虽着张居正的倒台而被劾罢归乡。万历十五年看似平常的一年，前前后后却也是改变历史走向的一年，如果张居正没有突然病故或许他的改革还会继续推行，戚继光还会继续报效国家，努尔哈赤或许也就无法形成气候继后推翻明朝，不过这些也仅仅是可能，在万历十五年，也就是1587年，西方已经在经过文艺复兴走向资产阶级，或许就如作者所说，为什么西方和邻国日本在改革的时候，中国还在维持着封建农耕制度，但也如中国古话所说，人无完人，国也如此，还有一句最俗的老话，三十年河东，三十年河西，随着时代的发展，并不能说 中国人不会走向富强，或许中国人能创造更好的社会体系，今天，也就是2025年，我站在这个经过改革开放40多年的国家角度可以说，我们中国人做到了超越西方的体制，已经创造出比西方更加完善的体制。